Historia wioski sięga średniowiecza. Obfitowała w wiele wydarzeń, które zmieniały jej oblicze. Pierwotnie Maniowy były wsią położoną na dwóch nadległych terasach naddunajcowych, pod południowymi stokami Runka, ograniczały ją dwa potoki: Micholów i Hubny. Do dziś pozostało tylko kilka domostw z tamtej wioski. Jeżeli nie masz teraz czasu na czytanie całej historii Maniów tu znajdziesz skrócony przegląd najważniejszych wydarzeń z życia naszej wioski.
- Najpierw w 1543 roku powódź zabrała domostwa wraz z modrzewiowym kościółkiem z połowy XIV w.
- W ciągu dwóch wieków XVI i XVII w Maniowach i okolicy – jak wynika z badań przeprowadzonych przez naukowców UJ w latach 1985-1995 – zmarło w wyniku tyfusu i czerwonki a także głodu i innych przyczyn około 2,5 tys.ludzi.
- W 1614 r. wieś spłonęła doszczętnie. Po tym pożarze król Zygmunt III uwolnił pogorzelców na czas czterech lat od podatków.
- W 1662 r. wzniesiono nowy kościół, ale wykończenia trwały jeszcze 17 lat, konsekracja odbyła się 1679 roku. W międzyczasie prawdopodobnie we wsi była mała kapliczka, gdyż nie ma wzmianek aby wieś utraciła kiedykolwiek status parafii. Także ten kościółek trzeba było rozebrać, gdyż zagroził mu Dunajec, który wylewał w latach.
- W 1676, po uczestnictwie chłopów w buntach chłopskich przeciwko starostom chorągwie królewskie spacyfikowały wieś zabijając 50 ludzi.
- Epidemia dżumy, która wybuchła w 1708 roku zabiła 60 osób. Stary cmentarz był już zapełniony więc ludzi chowano na nowym cmentarzu, który przetrwał aż do zalewu.
- Kolejna epidemia, tym razem czerwonki przeszła przez Maniowy w latach 1720-21, zabijając w całej parafii 130 osób. W ramach przebłagania wybudowano na cmentarzu kaplicę ku czci św. Sebastiana.
- W 1873 r. wieś nawiedziła zaraza cholery, zabijając 230 mieszkańców. Po zarazie pozostał do dziś krzyż wyznaczający miejsce ich pochówku.
- W tym samym roku spłonęły organistówka i szkoła (zbudowana w 1798 r.)
- W 1848 pożar strawił też wnętrze następnego kościoła, pod wezwaniem św. Mikołaja, wzniesionego w latach 1817-1819. Odbudowano go w 1856 r.
- W 1890 roku znowu wioskę nawiedziła choroba, w wyniku epidemii tyfusu i czerwonki zmarło 52 mieszkańców.
- 14 lutego 1896 r. spaliła się plebania, na starych murach dobudowano piętro.
- Rok 1904 upłynął pod znakiem wielkiej suszy natomiast lata 1907, 1928, 1929 to lata mroźnych zim.
- W 1908 roku znacząca część wsi spłonęła.
- Wielka powódź w lipcu roku 1934 zabrała ze sobą dwa młyny i mnóstwo upraw.
- Podczas drugiej wojny światowej wielu mężczyzn z Maniów ukrywało się w lasach, w obawie przed Niemcami. Gorce były zresztą wtedy gniazdem partyzantki.
- Drugiego lipca 1942 roku podczas próby ucieczki z łapanki zginął od kuli gestapowca Franciszek Dębski.
- Także w lipcu owego roku gestapo wymordowało wszystkie rodziny żydowskie mieszkające we wsi, łącznie 27 osób, głównie starców i dzieci.
- Ostatnia wielka tragedia to wypadek na moście pod Hubą. 17 grudnia 1964 rankiem przy wjeździe na most pod Hubą pojawiła się ciężarówka z pasażerami „na pace”. Przy wjeździe na most samochód wpadł w poślizg i taranując barierę wpadł do zamarzniętej rzeki. Kilku pasażerów wypadło do wody i Ci się uratowali. Pozostali zginęli przygnieceni tonącym samochodem. Zginęli: Katarzyna i Jakub Plewa, Franciszek Palica, Władysław Gier, Jan Sikora, Anna Lisiura, Anna Potoniec i Maria Polaczek z Kudowa.
- W latach 70 XX w. rozpoczęła się wielka emigracja do nowej wioski związana z powstaniem Jeziora Czorsztyńskiego. Ostatni mieszkańcy przenieśli się w roku 1995. Starą wioskę wyburzono aby oczyścić przyszłe dno jeziora. W ten sposób zniknęło prawie wszystko to co powstawało przez siedem ostatnich wieków.
- W roku 1997podczas powodzi stulecia okazało się, że gdyby zapory nie było większość naddunajeckich wiosek począwszy od Maniów zostałaby kompletnie zniszczona.