Pierwszy kościół, modrzewiowy, został wzniesiony w roku 1216. Usytuowany był nad Dunajcem, na zachodnim krańcu wsi (od strony Nowego Targu, przy starej drodze). Został on zniesiony przez powódź w 1526 (powodzie często nawiedzały starą wieś).
Drugi kościół, już murowany, zbudowano w r. 1662, w późniejszym ogrodzie plebańskim. Został on konsekrowany 2 I 1679 roku, przez biskupa Mikołaja Oborskiego, Sufragana Krakowskiego. Proboszczem był wtedy ksiądz Sebastian. Rozebrano go jednak z powodu niebezpieczeństwa zawalenia (stał na skarpie, którą podmył Dunajec). Na jego prezbiterium zbudowano w roku 1855 Kaplicę św. Marka, która zachowała się częściowo (same mury) do czasu przesiedlenia wioski na nowe miejsce.
{joomplu:265 left}Trzeci, największy i zarazem ostatni kościół w Starych Maniowach, który zachował się do końca trwania wioski na starym miejscu budowano w latach 1817-1819. Wzniesiono go z funduszy skarbowych za rządów Cesarza Franciszka II. Konsekrował go dopiero w 1826 roku biskup Sufragan Ziegler, rezydujący wówczas w Tyńcu. Jako patrona obrano św. Mikołaja – obecnie jest on patronem całej parafii. Był to kościół w którym chrzest otrzymała większość dzisiejszych parafian, a także przyjęła tu pierwszą komunię św. Sam rozpoczynałem tu karierę ministranta i przysłuchiowałem się ćwiczeniom organowym mojego taty. Kościół zbudowano w stylu barokowym, z charakterystycznym sklepieniem kolebkowym. Także ołtarze (główny i cztery boczne) wzniesiono w tym stylu. W głównym ołtarzu znajdował się obraz św. Mikołaja, który obecnie wisi z lewej strony głównego ołtarza w nowym kościele. Fragmenty ołtarza głównego znajdują się też w kościele filialnym w Czorsztynie. Po prawej stronie, w przedniej części kościoła znajdował się ołtarz z figurą Matki Boskiej z Lourdes – obecnie figura zajęła miejsce w prawym bocznym ołtarzu w nowym kościele. Następny ołtarz, Najświętszego serca Pana Jezusa znajdował się po prawej stronie, obok bocznego wejścia do kościoła (tzw. babińca). Trzeci ołtarz miał za patronów św. Franciszka i św. Antoniego. Ołtarz czwarty, Matki Boskiej Różańcowej pełni obecnie rolę ołtarza głównego w kościele filialnym w Mizernej.
{joomplu:286 right}Wnętrze kościoła spłonęło w roku 1848. Straty zdołano naprawić w roku 1856. Później z pomocą parafian i przy wsparciu finansowym Klubu Parafii Maniowy w Chicago położono w nim marmurową posadzkę, odbudowano przedsionek, salkę katechetyczną (w której uczyło się religii obecne pokolenie dwudziestolatków i starszych), założono centralne ogrzewanie, sprawiono dzwony (obydwa wiszą w nowym kościele). Kościół wyburzono w 1995 roku – był jednym z ostatnich budynków które zrównano z ziemią w Starych Maniowach. Obecny kościół parafialny jest czwartym z kolei.